Một ví dụ cụ thể về vai trò của hệ vi động vật có thể được nhìn thấy trong đất, nơi chúng rất quan trọng trong việc luân chuyển các chất dinh dưỡng trong hệ sinh thái .[2] Hệ vi động vật đất có khả năng tiêu hóa bất kỳ chất hữu cơ nào và một số chất vô cơ (như TNT và cao su tổng hợp). Những sinh vật này thường là các liên kết thiết yếu trong chuỗi thức ăn giữa các nhà sản xuất chính và các loài lớn hơn. Ví dụ, động vật phù du là vi động vật và sinh vật nguyên sinh phổ biến ăn tảo và mảnh vụn trong đại dương. Chúng bao gồm tập đoàn trùng lỗ và nhuyễn thể hình tôm, là nguồn thức ăn chính cho ngay cả động vật như cá voi. Hệ vi động vật cũng hỗ trợ tiêu hóa và các quá trình khác trong các sinh vật lớn hơn.